우리 학교 대부분의 학과에서는 학사학위논문(이하 졸업논문)을 졸업 요건으로 채택하고 있다. 그러나 이러한 졸업논문이 학부 과정을 돌아보며 전문성을 고취하고 내실 있는 학문 연구 경험을 쌓는다는 본래 취지와는 달리, 졸업 요건 달성을 위한 형식적 의례 중 하나로 전락하고 있다는 비판이 제기된다. 

  실효성 문제의 원인으로는 체계적인 논문 교육 과정의 미비함이 꼽힌다. 학사지원과에 따르면 현재 우리 학교에서는 일부 학과의 전공 과목, ‘공학논문작성과 발표’의 교양 과목을 제외하고 논문 작성 관련 교과목을 찾아볼 수 없다. 우리 학교 생화학과 노지헌 교수는 “학부생들이 실제 논문을 어떻게 작성해야 하는지 배우지 못한 채 본인에게 큰 의미가 없는 졸업 논문을 작성하게 되는 것 같다”며 논문 교육의 필요성을 언급했다. 

  또한 학부생들은 1명의 지도교수를 배정받아 졸업논문 지도 과정을 거치게 된다. 이 과정에서 1명의 지도교수가 5~10명 정도의 학생을 담당하며 업무가 과중하게 지워져 체계적이고 면밀한 교육이 이뤄지기도 어렵다. 우리 학교 사회학과 박찬종 교수는 “교수 1명이 지도하기 적정한 학생 수는 ‘5명 이하’라고 생각한다”며 “기존 학과 교수진이 6명인 상황에서 2명의 교수님이 해외 파견을 가게 돼 혼자 학생 10명의 졸업 논문 지도를 담당했었는데, 다소 힘들었다”고 덧붙였다. 이러한 상황 속에서 학부생들이 심도 있는 연구를 통해 졸업논문을 작성하기보다는 표절과 짜깁기로 작성된 논문을 제출하는 일이 빈번하다.

  현재 졸업논문의 실효성을 높이기 위한 대안으로 학부생을 대상으로 한 졸업논문 교육 강좌 개설이 거론되고 있다. 박찬종 교수는 “졸업논문 작성을 위한 별도의 과정이 필수 과목으로 추가될 필요가 있다”며 “졸업논문 교육 강좌를 개설하는 방안을 통해 졸업논문의 수준과 질을 높이는 방향으로 가야 한다”고 전했다. 강좌 개설과 관련해 학사지원과는 “모든 강좌의 개설은 교육과정에 근거한다”며 “논문 교육 과목이 신설되고 교육과정에 편성된다면 개설은 가능하다”고 전했다. 이어 “전공 과목 개설 권한은 각 학과에 있어 논문 관련 전공 과목 신설은 각 학과가 결정을 내려야 하는 문제”라고 덧붙였다. 

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