11월 2일 오후 8시 시작이 예상됐던 개표가 선본 측의 이의제기로 자정에 시작됐다. 개표는 다음 날 오후 4시 30분. 20시간 30분만에 끝났다. 투표와 개표에서 제기된 논란을 정리했다. 해당 기사는 개표 현장에서 작성된 속보와 녹음본, 충대신문에 들어온 제보를 바탕으로 작성됐다.

선거시행세칙은 어기고, 선거인명부는 유출되고

  개표 이후 충대신문에 불법・부정선거와 관련된 제보가 들어왔다. A학과가 투표 당일 투표를 하지 않은 사람의 실명과 특정 선본이 속한 단과대명을 언급하며 투표를 하라는 공지를 올렸다는 것이다. 해당 제보 내용은 선거시행세칙 24조 2항을 어겼으며, 30조 3항에 의거 선관위에서 주의 및 경고, 자격박탈의 처벌을 할 수 있다.
  뿐만 아니라 선거인명부 유출로 중앙선거관리위원회(이하 선관위)의 허술한 선거관리와 개인정보 노출이 우려되는 제보도 들어왔다. B학과에서 특정 학년의 투표율이 현저히 낮다며 투표를 하라는 공지를 올렸다는 내용과 C학과에서 특정 개인에게 투표를 하지 않았다며 투표를 촉구하는 내용의 카톡을 보냈다는 내용이다.

이의제기, 의결만 되면 끝?

  개표 과정에서도 논란이 있었다. 첫 번째는 '임팩트' 선본의 이의제기였다. 선거 당일인 2일 오전 7시까지 ‘티우미’ 선본 측이 쪽문과 공대 2호관에 설치된 현수막과 벽보를 회수하지 않았다는 내용이다. 이는 각 선본 참모장 간의 협의를 통해 정해진 철거시간보다 늦게 철거된 것이며, 투표 당일까지 선거운동물이 부착돼있던 것이었다. 임팩트 선본에서는 해당 선거운동물의 영향을 받았을 것으로 판단되는 제21투표구(공대 2호관)의 무효표 처리를 요구했다. 그러나 선관위에서 공대 2호관 무효표 처리는 논의가 불필요하다고 판단됐다. 이에 티우미 선본의 징계수위에 대한 선관위 의결만 진행됐다. 과반이 넘는 인원의 찬성으로 징계수위가 ‘주의’로 결정됐다.
 충대신문 속보 댓글에서 한 학우는 “선거시행세칙에 보면 제8장 불법선거운동에 대한 제재 제28조 8항 선거당일 선거운동을 하는 경우 '경고'라고 명시되어 있는데 왜 주의를 받은건가?”라고 의문을 제기하기도 했다.
 두 번째는 티우미 선본의 이의제기였다. 자연과학대학에서 선거인명부 노출이 있었다는 내용과 D학과에서 학생회장이 투표자를 데려와 투표를 하게 했고 투표자가 “끌려서왔다”는 표현을 했다는 제보가 있었다는 이의제기였다. 해당 이의에 대해 선거독려에 대한 부분은 증거가 없어 의결이 이뤄지지 않았다. 선거인명부 노출에 대한 부분은 의도적인 것이 아닌  투표 과정에서 발생한 일로 자연대 대의원장이 해명했고, 선거시행세칙에 위배되지 않는 것으로 선관위 과반수가 찬성했다.

세 투표구 무효표 처리, 잃어버린 1062표
  첫 번째 무효표 처리는 제6투표구(사범대학 2) 전체 294표 무효처리였다. 제6투표구 개표 결과 선거인명부에 서명한 사람 수보다 실제 투표함에 들어있는 표수가 적었다. 투표함의 표와 선관위에서 가지고 있는 배부된 표의 넘버링 대조 결과 실제 나눠준 표의 개수와 투표함에 들어있는 표의 개수가 일치했다. 선거인명부에 서명한 사람 중 1명에게 표가 배부되지 않은 것이다. 해당 사안에 대해 선거시행세칙 46조 7항에 의거 부정선거(부당한 방법으로 이뤄진 선거)로 판단, 해당 투표구 전체가 무효표 처리 됐다.
  두 번째 무효표 처리는 제11투표구(예술대학 1) 전체 149표에 대해서 였다. 예술대학 투표함이 내부봉인이 이뤄지지 않은 채로 개표장에 들어왔다. 비어있는 투표함의 확인과 밀봉 확인을 위해 선본의 참관인과 각 단과대학 대위원장은 테이핑이 완료된 뒤 서명을 진행하도록 돼있다. 그런데 제11투표구(예술대학 1)에서 이전에 사용했던 테이핑에 각 선본의 참관인과 예술대학 대위원장의 서명이 돼있었다. 내부 봉인이 이뤄지지 않은 채로 서명과 투표가 진행된 것이다. 이로 인해 예술대학 투표함의 신뢰성이 사라져 투표함으로서 역할을 할 수 없다고 선관위원 과반수가 동의해 부정선거로 판단, 해당 투표구 전체가 무효표 처리 됐다.
   제21투표구(공과대학 2) 무효표 처리가 논란의 절정이었다. 제21투표구(공과대학 2)는 선거인명부에 서명한 사람 수는 619명, 투표함에 들어있는 표의 수는 620표였다. 이에 부정선거로 의결이 돼, 과반수의 동의로 선거시행세칙에 의거 해당 투표구가 전체 무효 처리 됐다.
  제21투표구(공과대학 2)가 무효표 처리되자 티우미 선본 측에서 선관위의 잘못으로 생긴 투표구 문제로 무효표 처리가 되는 것에 대해 이의를 제기했다.

선거시행세칙, 제대로 인식 못한 선관위?
  이의가 제기되자 전영준 중앙선거관리위원장은 개표를 중단하고 의결을 진행했다. 이후 재개된 의결에서 전 선관위원장은 “모든 선관위가 선거관리에 소홀했다”며 “선관위원장이 판단하기에 11월 2일 진행된 투표 및 개표는 선관위의 관리 소홀로 몇 개 투표구 뿐만 아니라 추가적으로 더 많은 투표구들이 신뢰성을 잃었다고 판단된다. 개표를 여기서 중단하겠다”고 말했다. 선관위원장이 공식적인 자리에서 투표 및 개표의 정당성을 부정한 것이다.
  이에 신동준 선관위부위원장이 이의를 제기했다. 신 부위원장은 “해당 내용에 대해 선관위원들이 들은 적도 없고 회의를 진행한 적도 없다”며 “현재까지 개표에서 이뤄진 의결과정에서 잘못된 내용이 없다”고 말했다. 또한 신 선관위부위원장은 “해당 세칙을 개정하고, 투표구 봉인절차와 무효처리 세칙에 대해 대위원총회 등에서 충분히 공지했다”며 “세칙상 선관위원의 잘못에 대한 징계 조치가 없는 것은 맞지만, 선관위원의 실수로 발생했더라도 잘못된 방법으로 이뤄진 투표에 대해선 무효처리하는게 맞다”고 말했다. 공식석상에서 선관위원장의 발언이 선관위원과의 협의가 되지 않은 상태로 공표된 것이다. 
  결국 '진상 규명 후 개표 진행'과 '개표 진행 후 진상 규명' 에 대한 의결이 진행됐다. 이 과정에서 전 선관위원장은 발언을 취소했으며, 이후 선관위원 과반수가 찬성해 개표가 진행됐다.
 의결 과정에서 선관위원들이 선거시행세칙에 대한 인지 미숙도 나타났다. 인문대학 선관위원의 “예술대학 선관위원은 투표함 봉인에 대해 교육받지 않았나?”라는 질문에 예술대학 선관위원은 “해당 교육 시간에 늦게 참석해 투표함 봉인에 대해 제대로 모르고 있었다”라고 발언했다. 또한 간호대학 선관위원은 “극단적이지만 선본 후보자들이 해당된 단과대를 제외하고 투표가 진행되는 것이 진짜 중립적인 선거가 아닌가”라고 발언했다.