총장 직선제 학칙 개정 및 대학평의원회 구성 비율과 관련해 학내 구성원들의 갈등이 빚어지고 있다. 주요 쟁점은 총장 직선제 도입을 위한 학칙 개정으로, 교수회 측에서 특정 문구 추가와 교수회 안을 통한 학칙 개정을 주장하여 직선제 도입이 지연되고 있다.
  교수회는 성명서를 통해 “교수회 주관 재직 교원 가운데 89.4%가 직선제에 찬성해 직선제 도입을 지속적으로 요구해 왔다”며 “총장 임용 후보자의 선정을 선거가 아닌 방식으로 진행하는 것은 비민주적 적폐로 간주한다”고 주장했다.
  제49대 충남대학교 중앙위원회는 대자보를 통해 “총장선거가 간선제에서 직선제로 개정되길 바라지만 진정한 민주주의라면 학내 구성원 모두의 목소리가 반영돼야 한다”고 밝혔다. 또한 “교수회는 대학평의원회의 미설치에 대해 논의하는 것보다 다른 구성원들을 배제한 기존의 학무회의에서 총장임용후보자 관련 학칙을 개정하자고 일관했다”며 “이러한 태도는 민주주의를 거론하며 직선제를 요구하는 행위와는 상당히 모순적 면모”라고 강하게 비판했다. 전국대학노동조합 충남대지부도 플래카드를 통해 “평의회 구성을 즉시 이행하라”며 “평의회 기능을 대신하려는 교수회의 월권을 중단하라”고 규탄했다.
  이에 대해 대학본부는 “현행 간선제 총장임용후보자 선정 학칙의 문제성에 공감하지만, 고등교육법상 대학평의원회 심의가 선행돼야 하므로 구성원 전체 의견 수렴 절차를 거쳐야 한다”고 말했다.
  이러한 갈등의 원인은 교육공무원법에 따라 교원의 합의된 방식과 절차에 따라 총장임용후보자를 선출해야 한다는 교수회의 주장과 지난 5월 개정된 고등교육법 개정안에 따라 교수·직원·학생,조교가 모두 포함된 대학평의원회가 학교 운영 및 교육의 중요사항을 심의해야 한다는 대학본부 및 직원협의회·학생회의 의견이 상충하고 있기 때문이다.
  대학평의원회 구성에 대해서는 지난 5월부터 TF를 통해 논의한 결과, 7일 4차 TF팀 회의에서 조교·직원·학생 3개 단체는 교원이 7명, 교원 외 8명인 구성원 비율에 합의했다. 이들 3개 단체는 ‘교수회만 동의하면 대학평의원회를 설치할 수 있는 상황’이라고 주장했다. 하지만 교수회 운영위원회는 협의안을 받아들이지 않고 ‘평의원회 구성원 총 15명 중 교원 7명, 교원 외 8명에 동문 1명과 외부인사 1명을 포함할 것’과 ‘합의된 안은 전교교수평의원회 의결을 거칠 것’을 주장했다. 이를 보면 교수회 측이 학교 구성원 중 비교수 인원을 줄인 안과 평의원회보다 전교교수평의원회을 우위에 둘 것을 요구한다는 것을 알 수 있다. 전국 47개 국공립대 중 8개 대학만이 대학평의원회를 설치했고 경북대나 전북대 등도 구성원 비율에 대한 갈등이 있는 상황이다. 이에 대해 대학본부는 “교수회 입장을 일정 부분 이해하지만 전체 구성원을 고려한 행정을 진행해야 한다”고 말했다.
  지난 6일 오덕성 총장은 입장문을 통해 “학내 갈등이 첨예화되는 점을 통감한다”며 “총장직선제에 대한 불필요한 논쟁과 이에 대한 우려를 해소하고자 학내 구성원의 다양한 의견을 수렴하여 학칙 개정을 추진하겠다”고 말했다. 또한 “필요하다면 총장 선출제도 개선을 위한 별도의 위원회 구성과 함께 직선제에 대한 대학 전체 구성원의 의사를 직접 묻는 절차를 통해 올해 안에 학칙 개정을 진행하겠다”고 밝혔다. 즉 현행 학칙인 ‘총장임용후보자의 선정은 선거가 아닌 방식으로 하되, 이에 관한 사항은 따로 정한다’는 문구를 ‘총장임용후보자의 선정은 직선제로 하되, 이에 관한 사항은 따로 정한다’로 올해 안에 개정한다는 방침이다.
  한편 교수회에서는 자신들이 요구한 학칙개정이 이뤄지지 않고 있다며 지난 5일부터 14일까지 오 총장 사퇴 결의안 투표를 진행했다. 투표결과는 찬성 467명(67.88%), 반대 211명(30.67%)로 나왔고, 교수회에서는 오 총장의 즉시 사퇴와 교수회의 안건으로 학칙 개정을 완료할 것을 대학본부에 요구했다.
  이에 대해 지난 14일 오 총장은 담화문을 통해 “지금까지 강조한 바와 같이 총장 직선제가 반드시 도입돼야 한다고 생각한다”며 “그러나 추진과정은 민주적이고 법적 절차를 준수해야 한다”고 강조했다. 이에 “대학본부는 교무처를 중심으로 수차례에 걸쳐 교수회와 법적 타당성을 담보로 하는 학칙개정의 합리적 추진방안에 대한 협의를 진행했다”며 “내·외부의 3개 법률전문기관들로부터 자문을 받은 결과 ‘대학평의원회의 심의절차를 거치지 않고 개정한 학칙은 절차적 하자가 있다’는 견해가 나왔다”고 설명했다. 이 때문에 “직선제 학칙으로 개정을 위해 대학평의원회 구성 및 심의가 필요하다”며 “교수회와 3개 직능단체의 의견을 오는 30일까지 받아 12월 초 직선제에 대한 학칙 개정안을 입법예고하는 등 연내 학칙 개정 완료를 위해 노력할 것”이라고 밝혔다.