현재 진행 중인 동아리 평가제가 실적이 저조한 중앙동아리 일부를 컷오프(cut-off) 하는 도구로 쓰일 것이라는 주장이 제기되면서 많은 학생들에게 불만을 사고 있다. 학생 자치를 훼손하는 중대한 문제라는 의견이 있지만, 제1후생관 리모델링 공사로 인해 동아리방의 수가 줄어듦에 따라 불가피하다는 반박도 있다. 
  지난 9월 6일 제3차 동아리 대표자 회의가 자연과학대학 감민호홀에서 열렸다. 총동아리연합회 C&NEW(이하 총동연)는 회의 중 2018년도 동아리 평가제 시행 계획에 대해 공지했으며, 시행 기간은 10월 말부터 11월 말까지로, ‘중앙동아리의 활동 및 운영 상태를 평가하고 우수동아리를 선정·지원하여 내실 있는 동아리 육성에의 기여’를 목적으로 한다고 설명했다. 평가위원은 교직원과 총동연 임원으로 구성되며, 각 동아리는 동아리 현황·운영실적에 대한 서류를 제출해 1차 심사와 프레젠테이션 발표, 질의응답이 포함된 2차 심사를 받아야 한다. 우수동아리로 선정될 경우 50만원의 상금이 지원되지만, 동아리 평가제에 불응하거나 평가 점수가 낮을 경우 퇴출한다는 조항이 있어 논란이 일고 있다. 현재 중앙동아리에서 활동 중인 A 학우는 “평가항목과 제출기한에 대해 상세한 설명도 없이 도중에 갑자기 새로운 양식으로 제출하라는 통보를 받아 당황스러웠다”라며 일방적인 동아리 평가제 진행 방식에 대해 지적했고, B 학우는 “총동연이 부당하게 동아리를 없애려고 하는 게 아닌가 의심된다”고 불만을 드러냈다. 김다진(화학·2) 학우는 “총동연이 동아리와 학교의 가교 구실을 하지 못하고 학교의 대변자로만 작동하는 것 같아 안타깝다”며 “총동연과 동아리 간의 소통이 더 원활해지길 바란다”고 말했다. 이에 대해 총동연 최성은 부회장은 “동아리들의 의견을 대변하지 못했다는 점에 대해서 죄송하게 생각한다”며 “소통이 부족했다는 점을 인지하고 있으며 앞으로 같은 문제가 발생하지 않도록 개선하겠다”고 답했다. 한편 동아리 평가제 시행에 대해서는 “제1후생관 리모델링 공사를 위해 동아리방의 감축은 불가피하다고 판단된다”며 “학생과와 협의를 통해 활동 실적이 부족한 동아리만 퇴출하는 방식으로 조정하게 됐다”고 밝혔다. 이에 “현재 제1후생관 3층에 18개, 지하에 2개의 동아리방을 확충한 상황”이라며 “동아리에 피해가 없도록 시설과와 계속 협의할 것”이라고 밝혔다.
  현재 우리 학교 제1후생관은 준공 후 38년이 지남에 따라 외벽 및 내부 마감재, 창호, 기계, 전기설비 등의 노후화가 심각한 상황이다. 이에 대학본부는 시설개선을 통해 안전한 교육환경을 조성하고자 지난 2월부터 리모델링 사업을 추진 중이다. 리모델링 사업에 따른 동아리 수 감축에 대한 동아리의 반발에 대해 시설과 김석한 계장은 “동아리방이 없어지는 것은 불가피한 측면이 있지만, 학생들의 피해를 최소화하기 위해 노력하고 있다”며 “제1후생관 리모델링은 학교의 발전을 위해 반드시 진행돼야 하는 사업으로 각 구성원의 양보가 필요하다"고 설명했다.